CN氰基色譜柱的鍵合官能團氨丙基要比C18,C8柱的鍵合官能團C18,C8容易水解，所以首先要做好其使用壽命稍遜的心理準備，特別是當你的使用條件是反相條件下時。
反相條件使用時，要特別注意控制PH值范圍，PH值越低越有發生水解的危險，流動相中水的比例越高當然也越有發生水解的危險。所以，在使用后以及準備長時間放置時，必要的清洗和將氨基柱保存于純的有機溶劑中是必需的。
當使用CN氰基色譜柱進行酸性物質如果汁中糖份的分析時，酸性物質的存在意味著質子的存在，可能會使略帶負電荷的氨基官能團質子化，使用一段時間后對于某類的分析物保留性質有所改變或表現為柱效下降。這時，專家所給的建議是：用5-10倍的柱體積的含0.5-1.0％NH3的50-50乙腈-水溶液沖洗該柱（沖洗后當然要再用不含堿的流動相洗去多余氨），之后再進行分析這類酸性分析物時建議在流動相中略微添加少許氨如0.1％。
CN氰基色譜柱的清洗
簡單說起來，正相條件下使用的氨基柱參照硅膠柱的清洗方法；反相條件下使用的CN氰基色譜柱參照C18的清洗方法。
（1）平時在正相條件下使用：
首先用50倍柱體積的異丙醇清洗，因異丙醇粘度較大需適當放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用異丙醇過渡回到平常使用的正相流動相，即可。
（2）平時在反相條件下使用：
緩沖鹽應及時沖洗，不能直接用純甲醇沖洗緩沖鹽等，屬常識就不作特別交待。
用50倍純甲醇沖洗；之后，用異丙醇過渡后，用二氯甲烷沖洗色譜柱；之后，再用異丙醇過渡回來到甲醇條件下。
這些清洗方法，主要是針對當樣品中有雜質逐步吸附累積到填料上時的處理方法，色譜柱表現行為為諸如柱壓增高柱效降低等。
